Ο Μαυροπετρίτης είναι το καλύτερα μελετημένο είδος του Αιγαίου, ιδιαίτερα στις νότιες αποικίες χάρη στις προσπάθειες του Δρ. D. Ristow και των συνεργατών του, καθώς και της Ελληνικής ορνιθολογικής εταιρείας και του Μουσείου Φυσικής Iστορίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, οι οποίοι έχουν πραγματοποιήσει συστηματικές και συνεχείς έρευνες και παρακολούθηση από τις αρχές της δεκαετίας του 1960, παρέχοντας έναν πλούτο πληροφοριών σχετικά με τη βιολογία του είδους και την αναπαραγωγή του σε συγκεκριμένες αποικίες του. Επιπλέον, η πρόσφατη παγκόσμια απογραφή του πληθυσμού που πραγματοποιήθηκε σε όλο το εύρος αναπαραγωγής του είδους και υλοποιήθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος LIFE Φύση «Δράσεις για την προστασία του Μαυροπετρίτη στην Ελλάδα“ (LIFE03 NAT/GR/000091), έχει παράσχει, αφενός, σημαντική χωρική πληροφορία σχετικά με τη γεωγραφική εξάπλωση των αποικιών αναπαραγωγής του είδους, και, αφετέρου, επαρκή πληροφορία για την εξαγωγή συμπερασμάτων σχετικά με την κατάσταση διατήρησης του είδους.
Έτσι, σύμφωνα με την πρώτη συνολική συστηματική απογραφή του πληθυσμού, η κατάσταση του πληθυσμού του Μαυροπετρίτη στην Ελλάδα και σε άλλες χώρες της Μεσογείου θεωρείται ότι είναι σταθερή. Ωστόσο, τα ίδια στοιχεία δείχνουν μια μετατόπιση των αποικιών βορειότερα στο Αιγαίο (LIFE03 NAT/GR/000091) που ταιριάζει με τις προσομοιώσεις της μελλοντικής εξάπλωσης του είδους υπό τα σενάρια της κλιματικής αλλαγής.
Παρά το γεγονός ότι το είδος έχει χαρακτηριστεί από την IUCN ως ”Μειωμένου Ενδιαφέροντος”, περιλαμβάνεται στο Παράρτημα I της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ του Συμβουλίου περί της διατηρήσεως των αγρίων πτηνών, στο Παράρτημα ΙΙ της Σύμβασης της Βέρνης και ανήκει στην κατηγορία «SPEC 2″ του BirdLife International, το οποίο σημαίνει ότι είναι ένα «είδος με δυσμενές ευρωπαϊκό καθεστώς διατήρησης, και με περισσότερο από το ήμισυ του αναπαραγωγικού ή διαχειμάζοντα πληθυσμού να συγκεντρώνεται στην Ευρώπη».