Έχει παρατηρηθεί τάση μείωσης του πληθυσμού του Μαυροπετρίτη σε αποικίες που βρίσκονται στο νότιο άκρο της κατανομής του στην Ελλάδα και μια ακόλουθη αύξηση του μεγέθους των αποικιών στο Βόρειο Αιγαίο. Αυτή η μετατόπιση της εξάπλωσης του είδους εναρμονίζεται με τις θεωρητικές προσομοιώσεις της μελλοντικής εξάπλωσης του είδους υπό τα σενάρια της κλιματικής αλλαγής. Η έκθεση των φωλιών στον ήλιο και τον άνεμο, καθώς επίσης και η παρουσία του θηλυκού γονέα στη φωλιά είναι ένα κρίσιμο στοιχείο κατά την περίοδο αναπαραγωγής, ώστε να βρίσκονται υπό έλεγχο τόσο η θερμοκρασία επώασης των αυγών όσο και η θερμοκρασία του σώματος των νεοσσών που είναι ανίκανοι να ρυθμίσουν τη θερμοκρασία τους από μόνοι τους σε αυτή την ηλικία. Έτσι, ενόψει των επιπτώσεων της υπερθέρμανσης στα νησιά της Μεσογείου που εμφανίζονται στα νότια όρια του εύρους εξάπλωσης του Μαυροπετρίτη (Νότιο Αιγαίο), η παροχή σκιάς και δροσερών χώρων στις βραχονησίδες, μέσω της δημιουργίας τεχνητών φωλιών αναμένεται να αυξήσει τη διαθεσιμότητα βέλτιστων θέσεων φωλεοποίησης και, ως εκ τούτου, την αναπαραγωγική επιτυχία του είδους. Οι επιπτώσεις της κλιματικής αλλαγής στις διαδρομές και στις περιόδους μετανάστευσης των στρουθιόμορφων πουλιών πάνω από τη Μεσόγειο, είναι μία ακόμη παράμετρος που επηρεάζει την αναπαραγωγή του μαυροπετρίτη, μέσω αλλαγών στη διαθεσιμότητα της βασικής του λείας, κατά την φάση ανατροφής των νεοσσών του.
Η παρουσία του ανθρώπου οδήγησε ιστορικά στην εισαγωγή ειδών-εισβολέων (αρουραίοι) σε πολλές ακατοίκητες νησίδες του Αιγαίου, γεγονός που έχει χαρακτηριστεί ως μία από τις πιο σοβαρές απειλές για πουλιά που φωλιάζουν στο έδαφος, ειδικά για τα θαλασσοπούλια και τους Μαυροπετρίτες. Κατά τη διάρκεια του προγενέστερου Προγράμματος LIFE03 NAT/GR/000091, η απειλή αυτή αντιμετωπίστηκε για πρώτη φορά στην Ελλάδα σε πιλοτική κλίμακα με εκστρατεία εξάλειψης, με πολύ ελπιδοφόρα αποτελέσματα, η οποία επεκτάθηκε περαιτέρω τα επόμενα χρόνια μέσω άλλων Προγραμμάτων LIFE. Τα προκαταρκτικά αποτελέσματα από το εν εξελίξει Πρόγραμμα LIFE10 NAT/GR/000637 δείχνουν ότι μετά την πρόσφατη εισβολή αρουραίων σε ακατοίκητη νησίδα στο κεντρικό Αιγαίο, όπου φιλοξενείται αποικία Μαυροπετρίτη που παρακολουθείται τακτικά τα τελευταία 8 χρόνια, η αναπαραγωγική επιτυχία μειώθηκε δραματικά (>50% μείωση της παραγωγικότητας), σε αντιπαραβολή με προηγούμενες αξιολογήσεις που εκτιμούσαν περίπου 20% μείωση του αριθμού των αυγών λόγω της θήρευσης από αρουραίους. Σε μια προηγούμενη αξιολόγηση, εκτιμάται ότι 20% των αυγών χάνονται λόγω της θήρευσης των αρουραίων. Τα στοιχεία αυτά είναι ανησυχητικά, αφενός, επειδή η θήρευση από τους αρουραίους φαίνεται να επηρεάζει περισσότερο τις αναπαραγωγικές αποικίες από ό,τι είχε προηγουμένως θεωρηθεί, και αφετέρου, επειδή μια τέτοια δραματική μείωση θα μπορούσε να θέσει σε κίνδυνο τη βιωσιμότητα των τοπικών πληθυσμών.
Ο Μαυροπετρίτης είναι γνωστός για την καθυστερημένη περίοδο αναπαραγωγής του που συγχρονίζει την περίοδο ανάπτυξης των νεοσσών με την αιχμή της φθινοπωρινής μετανάστευσης των στρουθιόμορφων πουλιών πάνω από τη Μεσόγειο. Όμως, αυτή η σχέση είναι πιθανό να διαταραχθεί, καθώς η κλιματική αλλαγή επηρεάζει ήδη τη χρονική περίοδο της μετανάστευσης των στρουθιόμορφων. Αυτή η χρονική μετατόπιση μπορεί να οδηγήσει σε μια κρίσιμη αναντιστοιχία της αιχμής της διέλευσης των στρουθιόμορφων με τον κύκλο αναπαραγωγής του είδους, επηρεάζοντας σοβαρά το αναπαραγωγικό αποτέλεσμα, καθώς και την επιβίωση των ανώριμων πουλιών λόγω λιγότερης συσσώρευσης λίπους πριν αναχωρήσουν για τους τόπους διαχείμασής τους.
Με βάση την ανάλυση υπολειμμάτων τροφής που πραγματοποιήθηκε κατά τη διάρκεια του προγράμματος LIFE03 NAT/GR/000091, την πιο συχνή λεία του Μαυροπετρίτη στις νότιες αποικίες αναπαραγωγής του αποτελούσαν τα είδη Θαμνοφυλλοσκόπος, Καστανολαίμης και Αετομάχος, τρία είδη που αναμένεται ότι θα επηρεαστούν σημαντικά από την υπερθέρμανση του πλανήτη. Και τα τρία είδη θα υποστούν σημαντική συρρίκνωση ή/και βόρεια μετατόπιση της τρέχουσας αναπαραγωγικής τους εξάπλωσης στην Ευρώπη, η οποία είναι πιθανό να επηρεάσει το μεταναστευτικό τους πρότυπο, τόσο όσον αφορά το χρόνο όσο και τις μεταναστευτικές οδούς.
Πρόσφατα ευρήματα, τόσο πριν από την έναρξη όσο και κατά τη διάρκεια της αναπαραγωγικής περιόδου του Μαυροπετρίτη αναδεικνύουν τον πλούτο των βιοτόπων από τους οποίους εξαρτάται το είδος για τροφοληψία και κούρνιασμα, πολλοί από τους οποίους επηρεάζονται από τις ανθρώπινες δραστηριότητες (π.χ. καλλιεργήσιμη γη, υγρότοποι, δάση) πολύ μακριά από τις αποικίες του είδους και μέχρι 50 χλμ από αυτούς κατά τη διάρκεια της περιόδου αναπαραγωγής.
Ακόμα σοβαρότερα προβλήματα έχουν εντοπιστεί στα τροπικά δάση της Μαδαγασκάρης, το κύριο ενδιαίτημα διατροφής του είδους τον χειμώνα. Σύμφωνα με τον Κλιματικό Άτλαντα για τα Αναπαραγόμενα Πουλιά της Ευρώπης, οι προσπάθειες διατήρησης στην περιοχή αναπαραγωγής του είδους δεν θα ευδοκιμήσουν εάν «… το ευρύτερο τοπίο, όπου εμφανίζεται ένα είδος καθίσταται περισσότερο «διαπερατό» […] με την επέκταση σε όλη την περιοχή μέτρων για την προστασία των ειδών από τις δυσμενείς επιπτώσεις αυτών των παραγόντων όπως διώξεις ή εκμετάλλευση από τον άνθρωπο, ή άμεσες και έμμεσες επιπτώσεις της χρήσης φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων».
Έτσι, η αξιολόγηση της χρήσης των ενδιαιτημάτων διατροφής και της ανθρώπινης πίεσης στα οικοσυστήματα που χρησιμοποιεί το είδος θα βοηθήσει στον εντοπισμό των πιθανών απειλών και, στη συνέχεια, θα οδηγήσει σε κατάλληλα μέτρα άμβλυνσης.